Только с бубном.
Распаковать (unzip) тему (файл Material Theme.sublime-package), открыть файл с настройками Material-Theme.sublime-theme (если ты используешь именно его), найти нужные параметры
    {
      "class": "sidebar_tree",
      "row_padding": [24, 8],
      "indent": 16,
      "indent_offset": 0,
      "indent_top_level": false,
      "layer0.tint": [38, 50, 56],
      "layer0.opacity": 1.0
    },
Изменить значение row_padding на [12, 0], например. Все упаковать обратно. Иметь ввиду, что при обновлении пакета изменения исчезнут.