Только с бубном.
Распаковать (unzip) тему (файл Material Theme.sublime-package), открыть файл с настройками Material-Theme.sublime-theme (если ты используешь именно его), найти нужные параметры
{
"class": "sidebar_tree",
"row_padding": [24, 8],
"indent": 16,
"indent_offset": 0,
"indent_top_level": false,
"layer0.tint": [38, 50, 56],
"layer0.opacity": 1.0
},
Изменить значение row_padding на [12, 0], например. Все упаковать обратно. Иметь ввиду, что при обновлении пакета изменения исчезнут.