Это связано со спецификой OSX. Нажимая крестик, ты закрываешь окно с вкладками, а не программу. Поэтому не срабатывают указанные параметры. Если программа все еще работает, то при клике по иконке в доке, просто создается новое окно. Если ты нажмешь Shift+Cmd+N, эффект будет тот же самый. Появится новое окно, естественно без вкладок. Поэтому повторюсь, мне кажется, оно всегда так работало.