Хм. Да, странное поведение. Если "оборачивать" теги, то Emmet добавляет переносы строк. Если в выражение добавить ссылку (ul>li*>a) тогда переносов нет.
Не думаю, что это настраивается. Могу предложить в таких случаях пользоваться стандартным врапером Menu / Edit / Tag / Wrap Selection to Tag и разбивалкой строк Menu / Selection / Expand Selection to Line.