Ее можно настроить через тему оформления.
На примере темы по умолчанию:
1. распаковать файл C:\Program files\Sublime Text 3\Packages\Theme - Default.sublime-package в пользовательскую папку C:\Documents and Settings\<username>\Application Data\Sublime Text 3\Packages\User.
2. переименовать папку, например, в Theme - Custom.
3. в этой папке найти Default.sublime-theme и переименовать в Custom.sublime-theme
4. в этом файле найти параметры мини-карты
{
"class": "minimap_control",
"attributes": ["hover"],
"settings": ["!always_show_minimap_viewport"],
"viewport_opacity": { "target": 1, "speed": 20.0, "interpolation": "smoothstep" },
},
За прозрачность отвечает "target": 1 . Значение может быть в диапазоне от 0 до 1.
5. в параметрах редактора включить новую тему
"theme": "Custom.sublime-theme"