А в чем сложность? Береш и перезаписываешь.
В Windows стандартные плагины лежат в папке куда ты установил редактор, папка Packages. Они упакованы в файлах *.sublime-package, подозреваю, что это zip-архивы, так как распаковываются любым разархиватором.
Разные снипеты (для С++, PHP, Python и так даллее) будут лежать в своих плагинах.
После распаковки, папку с плагином можно оставить как есть, Sublime Text все равно его подхватит.
