ST позволяет указывать настройки для различных типов файлов.
Открой HTML файл. В меню выбери Preferences > Settings - More > Syntax Specific - User. Откроется вкладка, в которой необходимо указать настройки для нужного типа файла. В данном случае - HTML.
{
"ignored_packages":
[
"CodeIntel"
],
}
Правда, я не до конца уверен, что параметр "ignored_packages" может настраивается отдельно, так как дополнения, загружаются для всего приложения в целом, а не для каждой вкладки и имеют глобальный эффект.
Если не поможет, загляни в настройки самого Codeintel. Там есть параметры "codeintel_disabled_languages" и "codeintel_live_disabled_languages".