«Сохранить в кодироквке» сохраняет файл используя выбранную кодировку. Если ты откроешь файл 1251 Cyrillic и сохранишь его как UTF-8, текст в нем будет в кодировке UTF-8. Так как редактор знает исходную кодировку, то все происходит без проблем.
Когда ты открываешь файл, редактор не знает, какая в нем кодировка на самом деле.