Да, должна работать подсветка ошибок только в php. Как у вас и выделилось - в однопиксельной рамке. Но у меня вообще не работает, даже как у вас - частично. 
Ставил на системе Win7 64x и Win8 64x. 
Ребята, которые пользуются ST2, говорят, что тоже просто установили и всё... Но есть такая статья на хабре (надеюсь можно разместить): 
http://habrahabr.ru/sandbox/47857/в которой пишут, что нужно еще прописать путь до интерпретатора php. Вот может быть в этом дело? Посмотрите, пожалуйста, что у вас там прописано (Preferences->Package Settings->SublimeLinter->Settings — Default)?
Прописал также (у меня вроде тот же путь,  но возможно неправильно прописал) - не работает, убрал вообще - не стало лучше... 
Бред, и никто не может понять, что не так. 
Некоторые ребята советовали установить плагин cTags, мол должно помочь. Зачем он, так и не понял. Установил - не работает....
P.S.: а может просто подсветка НЕ работает на винде? хотя нет: у двух товарищей linux, а у 3го - винда 7. У всех работает...((((
Ошибок в консоли никаких нет. 
Файлы лежат по умолчанию, ни одной русской буквы. И файлы проектов тоже! Вот такой путь я использую до проектов: D/sublimetextProject/test_site.com
P.P.S.: вот, кстати, еще одна статья: 
http://popel.com.ua/blog/article/razrabotka-s-pomoschiu-sublime-text-2.html , в самом конце которой говорится об этом плагине. Пишут: "Если вы используете Windows, не забудьте добавить папку PHP в переменную окружения Path". ЧТО ЭТО ЗНАЧИТ?! Кто-нить может подсказать?!